Význam genetické variability můžeme hodnotit na několika úrovních. V rámci diplomové práce si Ing. Lucie Skotáková z Mendelovy univerzity v Brně vybrala jako zástupce plodin čirok dvoubarevný (Sorghum bicolor) a bér italský (Setaria italica). Obě plodiny pocházejí z čeledi lipnicovité (Poacea) a vyznačují se několika shodnými vlastnostmi. Jednou z nich je, že jsou vhodné do teplého a suchého prostředí. Obě plodiny totiž disponují efektivnějším mechanismem pro fixaci vzdušného uhlíku při temnostní fázi fotosyntézy, takzvaným C4 metabolismem, poskytujícím větší výnosy ve stresových podmínkách.
V diplomové práci, jejíž výsledky přináší listopadové vydání časopisu Úroda, byly analyzovány vybrané položky čiroku a béru k posouzení jejich vnitrodruhové a mezidruhové genetické diverzity. Pro analýzu byla použita metoda studia DNA umožňující odhalit její polymorfismus (variabilitu). Ing. Skotáková si vybrala metodu iPBS (Inter Primer Binding Space), která je založena na široce rozšířených opakujících se sekvencí v genomu rostlin, tzv. retrotranspozonech. Metoda využívá v praxi dnes velmi rozšířený princip polymerázové řetězové reakce (PCR) nejen ve šlechtění, ale například i při diagnostice onemocnění rostlin (přesná identifikace patogenů).
Podle analýzy variability uvnitř druhu Sorghum bylo možné analyzovat rozdělení na základě některých variet čiroku, které se podle statistických parametrů vyhodnocených z vygenerovaných laboratorních dat shlukovaly k sobě – což znamená vyšší podobnost (jednalo se zejména o cukrové genotypy a většinu genotypů zrnového čiroku), což může souviset se selekčním tlakem v průběhu domestikace, kdy se záměrně vybíraly konkrétní jedinci (s určitými vlastnostmi) a některé skryté vlastnosti mohly být ztraceny. Na efekt podobnosti (nižší variabilitu) mohlo mít vliv i místo původu jednotlivých položek, například genotypy AS-LOZA-21 a AS-XJKE-3 pocházející z Německa se shlukovaly k sobě.
U béru má možná kromě vlivu provenience (místa původu materiálu) na míru genetické podobnosti vliv také morfologická podobnost (žlutá barva obilky), která se ve studii taktéž vyskytla a částečně korespondovala. Zároveň se v tomto experimentu potvrdila genetická diverzita mezi příbuzným čirokem a bérem. I když mají společné předky, rozchází se v několika vlastnostech, například velikosti genomu, či vývoje C4 metabolismu.
Více informací se dočtete v listopadovém vydání časopisu Úroda (11/2022).*
