Podle legislativy je digestát organické hnojivo. Pokud je vyroben výhradně ze statkových hnojiv a objemných krmiv anaerobní fermentací při výrobě bioplynu, je typové organické hnojivo. Ale z hlediska svého působení v půdě a na půdu je možno ho považovat spíše za kombinované minerální hnojivo s převažujícími živinami dusíkem a draslíkem. Nicméně v úvodu je dobré si připomenout, že organická hnojiva se liší od těch minerálních obsahem a kvalitou organických látek. V případě digestátů kolísá obsah organických látek v rozpětí 2,5–5,9 % (v extrémech 1,4–8,1 %) v čerstvé hmotě, zejména v závislosti na druhu a množství kofermentů a typu bioplynové stanice.
Problémem je ovšem kvalita organických látek, dána jejich labilností a tím degradabilitou. Pro půdu a její úrodnost mají mimořádný význam labilní složky půdní organické hmoty, protože jsou zdrojem energie pro půdní mikroorganismy, které se množí, čím půda vykazuje vysokou biologickou aktivitu a mohou v ní probíhat žádoucí procesy. Zejména je to majoritní proces mineralizace (zpřístupňování živin rostlinám z organických vazeb) a minoritní proces humifikace s výslednou tvorbou humusu, který má řadu pozitivních a nenahraditelných funkcí pro půdu – sorpční a ionto-výměnné schopnosti, tvorba půdní struktury, zadržování vody a další. Bohužel ty nejlabilnější organické látky (cukry, tuky, bílkoviny a jejich deriváty) jsou rozloženy (odbourány) metanogenními bakteriemi ve fermentoru bioplynové stanice z 50–70 % (výjimečně i přes 90 %), což je princip výroby bioplynu, respektive metanu. Ve výsledném digestátu se tudíž vyskytují převážně semi-stabilní a stabilní organické látky typu ligninu. Z těch půdní mikroorganismy příliš energie nezískají (limit dávky digestátu, respektive hnojiv s rychle uvolnitelným dusíkem je 10 t sušiny na ha v průběhu tří let). Proto je nezbytné na pozemky s aplikovaným digestátem pravidelně dodávat jiná, kvalitnější statková hnojiva obsahující labilnější organické látky. Je tudíž nutné na farmách aplikujících digestát zvýšit zaorávku hnoje, kompostů, posklizňových zbytků, zejména pak slámy a zeleného hnojení z meziplodin, ovšem včasně vysetých pro dostatečný nárůst biomasy. Roční potřeba organických látek je 3,5–4,5 t organických látek/ha, z čehož je nezbytné dodat přibližně 1,5–2,0 t organických látek/ha ve formě statkových a organických hnojiv. Při roční odhadované produkci digestátu ve výši 7,5 mil tun v ČR se odvozuje průměrný vnos organických látek z digestátu pouze na úrovni přibližně 0,10 t organických látek/ha zemědělské půdy.
S výjimkou trvalých travních porostů je tedy nezbytné pozemky pravidelně hnojit ostatními, výše zmíněnými statkovými (organickými) hnojivy. Současně je nutná i kontrola půdní reakce (pH) a vápnění kyselých půd, čímž se upraví nepříznivý poměr mezi žádoucími dvojmocnými kationty (Ca2+, Mg2+) a jednomocnými kationty (K+, NH4+, Na+). Jednomocné v digestátu převažují a zesilují slévavost půd a tvorbu škraloupu. Samostatnou kapitolou je osvojení si zásad technologické kázně při aplikaci (riziko utužení půd při nevhodné vlhkosti půdy a technice a podobně). Při úspěšné eliminaci uvedených rizik je možno digestát úspěšně využívat pro hnojení řady plodin.
