Barvu naprosté většiny současných odrůd pšenice seté označujeme jako červenou (i když se ve skutečnosti jedná o různé okrové odstíny). Velmi zřídka se v praxi vyskytuje barva bílá. Červená barva zrna je podmíněna přítomností alespoň jedné ze tří dominantních alel R-A1 (na chromozomu 3AL), R-B1 (3BL) a R-D1 (3DL).
Červené zabarvení zrna je způsobené polyfenolickými látkami, především taniny. Jde o hořké látky, které mají vztah k vyšší odolnosti zrna k porůstání. Bílá barva zrna je podmíněna trojicí recesivních alel r-A1, r-B1 a r-D1. Bílé zrno je přirozeně sladší, obvykle je také méně odolné k porůstání. Kromě těchto obvyklých zabarvení se mohou u pšenice vyskytovat i jiné barvy zrna, způsobené přítomností karotenoidů a anthokyanů. Karotenoidy, anthokyany, ale i řada dalších nebarevných látek (fenolické látky, jako například fenolické kyseliny, vitaminy a terpeny) vykazují značnou antioxidační aktivitu a přinášejí tak mnohé zdravotní benefity. Přestože hlavním zdrojem těchto látek jsou ovoce a zelenina, obohacení zrna pšenice o tyto látky by vzhledem k vysoké spotřebě cereálních výrobků mělo mít zdravotní přínos pro konzumenty.
Ing. Petr Martinek, CSc., z Agrotest fyto, s. r. o., Kroměříž a kol. se ve svém příspěvku publikovaném v ÚRODĚ č. 10/2019 věnuje i odlišnému zbarvení zrna a jeho původu. Žlutá barva se v zrnu vyskytuje ve větší míře u většiny tetraploidních druhů pšenice a u pšenice jednozrnky. Purpurová barva zrna se je vyvolána geny pro purpurový perikarp Pp (purple pericarp), které pocházejí z etiopské tetraploidní pšenice Triticum aethiopicum Jakubz. Modrá barva zrna je způsobena geny pro modrý aleuron Ba (blue aleurone). Kombinace barev jsou záležitostí výzkumu na několika pracovištích, zabývajících se touto problematikou ve světě. Existují informace o kombinaci rozdílných genů pro modrý aleuron (Ba1 + Ba2) a o kombinaci genů pro modrý aleuron s geny pro purpurový perikarp. Výsledkem takových spojení je projev temně modrého zabarvení (deep blue), respektive černého (black) zabarvení.*
Více informací naleznete v Úrodě č. 10.