Rozpoznat škodlivé činitele přímo na poli podle projevu na rostlině je někdy obtížné, zvláště pokud se jedná o virózy nebo houbové patogeny. Příznaky mohou být snadno zaměnitelné, nevýrazné, případně se infekce v určité fázi ještě nemusí projevit. Nyní existují časově a finančně nenáročné metody, kterými lze některé problematické patogeny spolehlivě odlišovat prakticky již na poli. Jednou ze slibných metod je izotermální amplifikace zprostředkovaná smyčkou, zkráceně LAMP. Jaké možnosti poskytuje a k čemu ji lze v současné době použít nám popsal Mgr. Tomáš Moravec, PhD., z Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Co se dá metodou LAMP stanovit již nyní?
Celkem dost věcí. Metoda začíná být oblíbená ve virologii a především v humánní medicíně pro diagnostiku tropických nemocí. Výsledek je hotov za půl hodiny. My se metodu snažíme uplatnit na virové choroby množitelských porostů brambor. Pro pěstitele může být žádoucí, aby věděl, zda je podezřelá rostlina bramboru v porostu napadená virózou, nebo se jedná o fyziologický problém.
Metodu LAMP jsme aplikovali také u testování virových zakrslostí pšenice. Jde ale o to, jak ji reálně využít. To, že je pšenice zakrslá, je vidět a je otázka, kdo by chtěl na poli odlišovat virové původce, protože ve výsledku je to jedno. Na stanovení zhruba šesti patogenů již máme užitné vzory, to znamená, že je napsaná metodika, jak při detekci postupovat.
Jak tedy metoda LAMP vlastně funguje a v čem je výhodná?
Její velká výhoda spočívá v tom, že je jedno, zda se zjišťuje DNA nebo RNA. Je robustní a nevadí jí znečisťující látky. Dá se tedy vzít přímo šťáva z rostliny a nemusí se nijak čistit. Další velkou předností je, že není třeba měnit teplotu, stačí ji nějakým způsobem udržet v rozmezí 60–65 °C. Přímo na poli tak lze vlastně s minimální výbavou stanovit, zda je ve vzorku patogen přítomen, nebo ne. Náklady na materiál jsou kolem deseti korun na vzorek.*
Celý rozhovor najdete v Zemědělci č. 13/2019.
