Zemědělství spolu s lesnictvím a vodním hospodářstvím je absolutně největším uživatelem půdy ČR. Zemědělsky využívaná plocha je evidována na 54,2 % celkové rozlohy ČR, tj. 4273 tis. ha.
Kolem 60 % zemědělské půdy se nachází v horských a podhorských oblastech nebo je horší kvality. Podíl trvalých travních porostů (TTP) na zemědělské půdě je přitom s ohledem na přírodní a klimatické podmínky neúměrně nízký (22,7 % v porovnání s 35 – 50 % v zemích EU s přibližně stejnými přírodními a klimatickými podmínkami). Konstatuje to koncepce agrární politiky ČR pro období po vstupu do EU (2004 – 2013), kterou vypracovalo české ministerstvo. Jak dodává, tuzemské zemědělství se svou orientací na industriální, intenzivní výrobu se stalo jedním z významných plošných i bodových znečišťovatelů půdy a podzemní i povrchové vody. Zatímco vliv na plošné znečišťování se po roce 1989 v zemědělství ČR zmírnil, problém bodového znečištění zůstává nedořešen. Podle tzv. nitrátové směrnice EU je proto 42 % zemědělské půdy a 36 % celkové výměry ČR zařazeno do tzv. zranitelných oblastí dusíkem (ZOD) se zvýšenými nároky na zemědělské hospodaření ve vztahu k vodní složce životního prostředí.
Velkovýrobní mechanizace nadále přispívá k výraznému zhutňování půdního podloží a snižování retenční schopnosti půdy. Meliorační odvodňovací zařízení na 1087 tis. ha z. p., v současnosti dosti zanedbaná, neplní svou původní funkci a působí na vodní režim v krajině spíše kontraproduktivně. Riziku vodní a větrné eroze a ztráty humusu v půdě je vystaven značný podíl zemědělské půdy (42 % vodní erozi, 7,5 % větrné erozi). K tomu přispívá i mimořádně velký podíl orné půdy (71,8 %) na zemědělském půdním fondu ČR.
V minulém režimu prosazované zcelování pozemků, rozorávání mezí a polních cest, napřimování drobných vodních toků a nadměrné používání průmyslových hnojiv a přípravků na ochranu rostlin (často nahrazující nedostatečnou základní agrotechniku) přispělo nejen ke zhoršování kvality půdy, ale i ke zmenšování početnosti populací a snižování druhové diverzity fauny a flóry.
